Pada tahun 2001, dengan Surat Keputusan Departemen Pendidikan Nasional, Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No. 2534/D/T/2001 tertanggal 2 Agustus 2001, Fakultas Perikanan Mendapat ijin untuk menyelenggarakan program pendidikan Strata 2 (S-2) dengan nama Program Studi Budidaya Perairan yang berpusat di Program Pasca Sarjana Universitas Brawijaya. Pada saat itu  diawali kegiatan pada Program Magister Budidaya Perairan terdapat 4 minat studi yaitu :

  1. Rekayasa Benih dan Reproduksi
  2. Penyakit Ikan
  3. Pakan Ikan
  4. Lingkungan

Berdasarkan Surat Keputusan Rektor Universitas Brawijaya tanggal 27 Februari 2006 nomor: 30/SK/2006 dan berdasarkan Surat Direktur Pasca Sarjana Universitas Brawijaya No. 692/SK/2006 tentang Petunjuk Pelaksanaan Program Pasca Sarjana Universitas Brawijaya tentang Penyelenggaraan Program Pasca Sarjana Universitas Brawijaya dialihkan ke Fakultas, mulai tahun akademik 2006/2007 penyelenggaraan Program Magister Budidaya Perairan ditangani oleh Fakultas Perikanan Universitas Brawijaya. Awal semester ganjil tahun akademik 2006 /2007 Fakultas Perikanan mendapat kesempatan menerima mahasiswa baru melalui beasiswa double degree yang merupakan hasil kerjasama antara Universitas Brawijaya dengan Biro Kerjasama Luar Negeri dengan minat Bioteknologi Perikanan. Badan Akreditasi Nasional (BAN) secara berkelanjutan telah menilai dan mengakreditasi program Magister di Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Hasil akreditasi BAN adalah  Program Magister (S2) Budidaya Perairan mendapat nilai A sesuai surat Keputusan BAN PT : No.006/SK/BAN-PT/Ak-X/M/I/2013.